硅藻泥在使用時也存在一定的缺陷，不注意這些缺陷，就會給環境美化帶來負面作用，影響家居美觀。
*硅藻泥怕水，我么都知道很多墻面漆都是防水的，家里墻壁臟了，可以用濕抹布直接擦拭，但是硅藻泥本身的結構是納米的蜂窩狀結構，他的吸附性要比活性炭高300倍，一旦用水擦拭可能就會直接吸附到分子結構中去，起不到清潔的作用。
*灰塵處理比較麻煩，硅藻泥本身能夠吸附和分解空氣中的灰塵等有害物質，如果長時間不進行清理，會把墻壁的顏色改變，令家居環境變得骯臟不堪，所以硅藻泥墻壁要經常清理，灰塵直接用雞毛撣子清掃就可以了，不會很麻煩。