依照水箱和底座的連接方式，馬桶可分為連體和分體兩種，連體式是水箱與底座相連，其造型美觀，而且堅固，適合較小的衛生間。分體式是水箱與底座分開，其體積較大（占有的空間大），且不容易靠墻，安裝不妥當，容易導致漏水。 依照排水系統，馬桶的沖水方式分為沖落式、虹吸式。沖落式是依靠有效水量以最快速度、最大流量封蓋污物并排出。此功能還得取決于自家的樓層管道設計，如果沒有設置水封，選擇沖落式馬桶則不容易防臭。虹吸式是指在大氣壓的情況下，迅速形成液體高度差，使液體從受壓力打的高水位流向壓力小的低水位，并充滿污管邊產生虹吸現象，直到液體全部排出沖入空氣中。虹吸形成越早，作用形成越迅速，有效水量流失的就越少，虹吸作用持續的時間越長排污功能約好，就越節水。 依照排水方式，馬桶又分為橫排（墻排）式和底排（下排）式。此類排水方式的選擇要根據自家水管接口情況而定。