由于太陽能熱水器里的水回流不是很好，而居民使用熱水器又不可能一次把水全部用完，這就意味著熱水器中肯定含有剩水。由于太陽能熱水器的內膽長期處于40℃~60℃，這個溫度值適宜細菌的大量繁殖，如果熱水器的內膽存水幾天不用，再加上細菌大量繁殖，熱水器內膽無形中成了細菌的溫床。水中存在各種致病細菌包括厭氧菌和需氧菌，如大腸桿菌、鏈球菌、芽孢桿菌、沙門氏菌、鞭毛蟲、傷寒桿菌等。