馬桶因容易沾染尿漬、糞便等污物，如果平日未加以清洗，就容易形成黃斑污漬，也容孳生霉菌和細菌。清洗的正確步驟，應先把座墊掀起，并以潔廁劑噴淋內部，數分鐘后，再用廁所刷徹底刷洗一遍，再刷洗馬桶座和其他縫隙。由于馬桶內緣出水口處是較易藏污納垢的地方，一般噴槍式的馬桶潔廁劑，并無法順利將清潔劑噴淋在該處，因此，最好使用獨特鴨嘴頭設計的潔廁劑，才可深入馬桶內緣、清除頑垢。