馬桶坐墊雖然給排便的人帶來柔軟舒適的感覺，但也帶來了危害。公共衛生專家指出，這種行為為細菌提供了溫床。大部分衛生間共用洗衣機，如果家里有病，馬桶座可以傳染。而棉或聚酯材料很容易吸收空氣中的灰塵或含有少量細菌的空氣。白色念珠菌，積聚在馬桶座上，易患霉菌陰道炎婦女。長時間不清洗馬桶墊圈，這是容易滋生鞭毛蟲，女性和男性滴蟲病的病原體。尿液、尿液會或多或少地濺在廁所的洗衣機里。所以馬桶座不能不使用。舊金山大學的微生物學家Brian Robert Thornton博士教授認為，雖然我們都覺得公共廁所是骯臟的，有一些心理障礙，直接坐在上面，但是這種行為不會引起疾病。而一次性坐便器紙起到的作用只是一種化學堵塞的馬桶座圈的清洗劑，防止臀部皮膚過敏，并不能有效預防細菌和病毒。所以，在使用公共廁所時，如果要保持真正的清潔，最好不要使用馬桶墊紙，而是在馬桶座上使用消毒濕巾墊，以有效防止細菌和病毒。