第一步：拔去電源插頭，取下水桶。清除飲水機腔內所有的剩余水，由于飲水機排污管里的剩余水是導致飲水機二次污染的關鍵，所以要先打開飲水機后面的排污管排凈里面的余水，然后再打開所有飲水開關，放去飲水機腔內的剩余水。 第二步：用干凈鑷子夾住消毒的酒精棉球，仔細擦洗飲水機“聰明座”。通常飲水機的這些部位直接與空氣接觸，很容易積聚細菌。用消毒的酒精棉擦洗，既能去除上面的污垢，還能為下一步消毒做準備。 第三步：一般的家用飲水機腔體的容量為2000毫升左右，將300毫升消毒劑溶解在2000毫升左右的水里，再充盈整個腔體，10-15分鐘后打開飲水機包括排污管和飲水開關排出消毒液。 第四步：將7000-8000毫升的清水連續沖洗飲水機整個腔體后打開所有開關排凈沖洗液。 第五步：用消毒的酒精棉花擦洗飲水機水龍頭開關處的后壁。 第六步：由于飲水機剛消毒完畢，還可能有微量的消毒液殘留，所以不能馬上飲用。先應該接一杯水聞聞有沒有消毒劑的味道，如果有，就需要不斷放水，直到水中聞不出氣味才可以放心地喝。
如果是用了很多年沒清洗，建議就不要清洗了。因為加熱絲已經附著了很厚的水垢，多年來已經很結實，很多時候，猛子一清洗把水垢洗掉很容易造成加熱絲加熱不均，加熱不均長時間會把加熱絲燒出裂口而漏電。
每臺飲水機的附件都配有專門的清洗劑，步驟（打開聰明座，將清洗劑倒入水罐，然后倒入適當的水，浸泡30分鐘左右，旋緊聰明座，左右搖晃飲水機，注意動作不要太猛烈。打開背板后的排污閥，將污水排干凈。在倒入純凈水，清洗。