第一種，熏蒸法：該方法是利用臭氧的殺菌作用來達到清洗飲水機的作用。將臭氧從飲水機上部的入水口注入，大約經過20分鐘的熏蒸可以殺滅大部分的有害細菌，此方法消毒效果很好，且成本較低，但沒有清洗水垢等雜質的作用。第二種，加壓過濾法：采用加壓過濾方法的專業飲水機清洗機械。在清洗時，將清洗機的一端接到飲水機的入水口，另一端接入飲水機下部的排水口，形成一個封閉循環，同時采用專用消毒清洗劑。該方法利用清洗機械自身的循環壓力，可以充分達到清洗的目的，然后通過機械壓力可以將水垢和雜質完全排出。這種方法一般被專業的飲水機清洗公司所采用。

平時注意飲水機水桶清理青苔，可以防止有害細菌的滋生。飲水機水桶長青苔比較常見的方法：利用臭氧的殺菌作用來達到清洗水機水桶的作用。將臭氧從飲水機上部的入水口注入，大約經過20分鐘的熏蒸可以殺滅大部分的有害細菌，此方法消毒效果很好，且成本較低，但沒有清洗水垢等雜質作用。利用84消毒液直接清洗水桶，可以直接殺滅青苔。

當我們的飲水器使用久了可能都會長青苔，因為飲用礦泉水，而且飲水機受陽光照射的話，就會容易生青苔，可以按照以下方法清洗。1、想要避免青苔的生長，飲水機最好別放在靠近陽臺、窗口等光線較強的地方，另外換用純凈水。先關閉飲水機電源。2、取下水桶，此時飲水機內應存有水。3、本品1袋（20克）倒入一干凈容器中，備用。4、打開飲水機底部排水閥，將所有水排入容器中。5、將稀釋好的除垢劑溶液倒回飲水機，等待10分鐘。6、輕微晃動飲水機，打開排水閥，排盡除垢劑溶液。7、用清水沖洗飲水機2遍，除垢工作完成。8、使用熱水除垢，效果更好。最好每2個月就清洗一次，效果更好。